Het opgevangen wort gaan we vervolgens koken met hop. Het wort moet zo'n 60 tot maximaal 90 minuten koken. Tijdens het koken vlokken grote eiwitten uit, die door het maischen in het wort zijn gekomen. Door het lange koken wordt het wort steriel en worden de hopbitterstoffen omgezet waardoor ze oplossen in het wort. Voorts is het belangrijk dat ongewenste vluchtige stoffen kunnen verdampen, daarom moet er 6 tot 10 % van het wort tijdens het koken verdampen. Zet dus nooit een dekstel op de kookketel tenzij de kookketel zo klein is dat meer dan 10% van het wort verdampt.
De hoeveelheid hop die toegevoegd moet worden is vooral afhankelijk van de gebruikte hopsoorten en het biertype dat je wilt maken. Voor het bereken van de hoeveelheid hop die je nodig hebt kun je gebruik maken van zogenaamde brouwsoftware zoals BrouwHulp, BrouwVise, ConfoMash en ProMash (Engelstalig). Bedoelde programma's kunnen veel meer zaken berekenen en zijn onmisbaar bij het zelf ontwikkelen van recepten.
Het is gebruikelijk bij het begin van het koken hopsoorten toe te voegen met een hoge bitterheid (hoog alfazuur percentage) en tegen het einde van het koken de hopsoorten met een fijn hoparoma. Door het leggen van hop op het hopfilter versterk je hoppige smaak van het uiteindelijke bier nog meer. De meningen zijn hierover wat verdeeld. Sommigen vinden dat het deze manier van hoppen een wat scherpe smaak aan het bier geeft. Anderen vinden dat niet.
